En 2007, c'est l'année de la confirmation pour Messi qui relègue définitivement Giuly sur le banc. Le trio « REM » (Ronaldinho, Eto'o, Messi) est reconstitué et forme sans doute la plus redoutable attaque du monde. Mais ce trio magique est rarement aligné à cause des blessures longues du buteur Samuel Eto'o pendant 5 mois qui pénalise fortement le club et de Messi qui se blesse également plusieurs fois cette saison.
Le 10 mars 2007 lors du Clásico opposant le Barça au Real Madrid, il sauve le Barça d'une déroute en marquant un coup du chapeau qui permet au Barça, à 10 contre 11, d'obtenir le match nul 3-3 face à son rival.
Le 18 avril 2007, lors de la demi-finale aller de la Coupe d'Espagne face à Getafe CF, il marque un but tout simplement exceptionnel. Partant de son propre camp, il élimine successivement tous les défenseurs adverses puis le gardien de but avant de loger le ballon au fond des filets. Un but identique au légendaire de la demi finale de la Coupe du Monde de 1986 marqué par Diego Maradona contre l'équipe d'Angleterre. La comparaison à ce moment là entre Leo Messi et le légendaire Diego Maradona bat son plein. Il réitéra un geste "Maradonesque" mais moins glorieux le 9 juin 2007 lors du derby Catalan face à l'Espanyol Barcelone (2-2), en marquant de la main lors de l'avant-dernière journée du championnat, forçant la comparaison jusqu'au bout.
Malgré une excellente saison de Messi (néanmoins perturbée par des blessures à répétition), le Barça perd le titre à la différence de buts particulière face au Real Madrid, est éliminé par Getafe en demi-finale de la Coupe du Roi et quitte prématurément de Ligue Champions en huitièmes de finale par Liverpool FC. Le Barça paye alors les blessures récurrentes de ses joueurs importants dont Messi mais aussi Eto'o et le début de la déliquescence de Ronaldinho. C'est une saison 2006-2007 blanche pour le FC Barcelone.